1. वायु गुणवत्ता: कैप्सूल होटल की छोटी जगह के कारण वेंटिलेशन आसान नहीं है, जिससे वायु गुणवत्ता में आसानी से कमी आ सकती है, जिससे यात्रियों की जीवन सुरक्षा और स्वास्थ्य जोखिम बढ़ जाता है।
2. गोपनीयता के मुद्दे: चूंकि कैप्सूल होटल प्रति व्यक्ति है, इसलिए सुरक्षा और गोपनीयता के मुद्दे हो सकते हैं।
3. सुविधाएं और उपकरण: कैप्सूल होटलों का उपयोग बहुत छोटा है, और जगह कम करने के लिए, कुछ सुविधाएं और उपकरण बहुत सरल कर दिए गए हैं, जो यात्रियों की जरूरतों को पूरा नहीं कर सकते हैं।